Program Pascasarjana Universitas Palangka Raya dipimpin oleh seorang Direktur, dibantu oleh dua orang Wakil Direktur, yaitu Wakil Direktur I yang membawahi Bidang Akademik dan Kemahasiswaan dan Wakil Direktur II yang menangani Bidang Administrasi Umum dan Keuangan. Seiring dengan perkembangan, maka sejak bulan Juni 2010, pengelolaan administrasi pada PPs UPR dilakukan oleh Kepala Bagian Tata Usaha, Kepala Sub Bagian Akademik dan Kemahasiswaan, dan Kepala Sub Bagian Umum, Kepegawaian dan Keuangan serta dibantu oleh beberapa orang Staf Administrasi.
Untuk kelancaran kegiatan perkuliahan dan administrasi, pada masing-masing Program dibentuk kepengurusan yang terdiri dari Ketua Program Studi Magister dan Doktor yang bertanggung jawab atas semua kegiatan pada masing-masing program. Ketua Program Studi Magister dan Doktor dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh Sekretaris, Staf administrasi akademik, Staf keuangan, perlengkapan, kebersihan dan keamanan.
Susunan Struktur Organisasi dan Personalia Pengelola PPs UPR ditetapkan berdasarkan SK Rektor Nomor 9872/UN24/KP/2022 tanggal 30 Desember 2022 dan SK Rektor Nomor 1647/UN24/KP/2023 tanggal 09 Maret 2023, serta SK Rektor Nomor 2331/UN24/KP/2024 tanggal 14 Maret 2024 adalah sebagai berikut :
A. Struktur Organisasi dan Personalia Pengelola Program Pascasarjana
| Direktur | : | Prof. Dr. I Nyoman Sudyana, M.Sc. |
| Wakil Direktur I | : | Prof. Dr. Petrus Poerwadi, M.S. |
| Wakil Direktur II | : | Dr. Herwin Sutrisno, S.T., M.T. |
B. Pengelola Administrasi Program Pascasarjana
| Ketua Tim Urusan Ketatausahaan, Keuangan, Kepegawaian, dan BMN | : | Suryani Magdalena, S.P., M.E. |
| Ketua Tim Urusan Akademik, Kemahasiswaan, dan Alumni | : | Simson Setia Dehen, ST |
C. Pengelola Ruang Baca Program Pascasarjana
| Pustakawan | : | Suriyati, A.Ma., S.Pd |
