Saat ini Program Pascasarjana UPR memiliki 11 Program Studi Magister (S2) dan 1 Program Studi Doktor (S3). Kedua belas program studi tersebut adalah:
- Program Studi Magister Manajemen (MM)
- Program Studi Magister Pengelolaan Sumberdaya Alam dan Lingkungan (PSAL)
- Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Inggris
- Program Studi Magister Pendidikan Luar Sekolah (PLS)
- Program Studi Magister Pendidikan Kimia
- Program Studi Magister Pendidikan Biologi
- Program Studi Magister Ilmu Hukum
- Program Studi Magister Ilmu Ekonomi
- Program Studi Magister Pendidikan Dasar
- Program Studi Magister Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS)
- Program Studi Magister Pendidikan Ekonomi
- Program Studi Doktor Ilmu Lingkungan